Аналіз перспективних біотаргетів та розробка алгоритму in silico пошуку антипаркінсонічних агентів

Abstract

За результатами детального аналізу патогенезу та фармакотерапії хвороби Паркінсона визначені терапевтично значущі антипаркінсонічні біомішені. За результатами аналізу Protein Data Bank сепаровані доступні макромолекули у конформації з найбільш важливими антипаркінсонічними агентами та деталізовано амінокислотні взаємодій в активних сайтах. Проведено процедуру валідації методологій молекулярного докінгу за нативними лігандами для можливості їх застосування в подальших in silico дослідженнях при визначенні молекулярних механізмів антипаркінсонічної дії нових сполук. Проаналізовано існуючі in vivo моделі, які застосовують для скринінгу, визначено взаємозв’язок «макромолекула – ліганд – механізм дії – фармакологічна модель» та сформовано алгоритм in silico дослідження при пошуку антипаркінсонічних агентів.

Based on a detailed analysis of the pathogenesis and pharmacotherapy of Parkinson's disease, therapeutically relevant anti-Parkinsonian biotargets were identified. Based on the results of the Protein Data Bank analysis, the available macromolecules in conformation with the most important antiparkinsonian agents were separated and the amino acid interactions in the active sites were detailed. The molecular docking methodologies using native ligands were validated for the possibility of their application in further in silico studies to determine the molecular mechanisms of antiparkinsonian action of new compounds. The existing in vivo models used for screening are analysed, the relationship "macro-olecule - ligand - mechanism of action – pharmacological model" is defined, and an algorithm for in silico studies in the search for antiparkinsonian agents is formed.