Мішень-орієнтований підхід до конструювання нових ефективних протимікробних агентів на основі амідів тієно[2,3-d]піримідин-4-карбонових кислот

Abstract

Дослідження проводили за допомогою наступних програм: ISISDraw 2.3, Discovery studio Visualizer 4.0, Python molecule viewer та Autodock Vina. Докінгові дослідження проводили на моделях гнучких лігандів та жорсткої молекули протеїну. Кристалографічні дані для ферметів PaTrmDc, отримано з Pseudomonas aeruginosa (5ZHN) із Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb). У результаті було з'ясовано, що аміди тієно[2,3-d]піримідин-4-карбонових кислот здатні зв'язуватися із активним сайтом tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase, а отже є потенційними інгібіторами цього ферменту. Причому спроби імітувати молекулу відомого інгібітора, який містить амінооктильний замісник шляхом введення у молекулу октиламідного фрагменту дають струткуру, яка здатна взаємодіяти in silico з активним сайтом досліджуваного ферменту. Розрахунки показують раціональність досліджень також амідів із більшими та меншими аліфатичними замісниками, такими як, наприклад, бутіл, гексил, ноніл, диетиламінопропіл, фенілпропіл та ін.